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更新時間：2024-10-10
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時間回到四月份的某個周五的晚上。一個折騰了學生很久的晶體結構，怎么都解不出來。如果不看衍射圖，只看hkl文件的話，數據確實看起來還不錯，分辨率也有0.9 A。然而即便是聽了我的非常規的晶體教學課，也始終找不到問題在哪里，從晶胞到數據還原都是正常的。然而不管是哪個程序都找不到相位。所以回到了讓人很難回答的問題：為什么我的數據很好，“還原"不出來結構？雖然我很欣慰地看到，終于有一些學生不再糾結一些數字，而是關注過程了。
既然從數據上看不出來什么，那么我們來看看源頭：晶體吧。
良品
我自信地認為，這個晶體的測試也就是分分鐘的事情。晶體很大，六棱柱的樣子，但黯淡地發著淡黃色的光芒（晶體照片已不幸遺失）。有些想吐槽：實在不理解，為什么要讓晶體干掉。但晶體的衍射能力還在，只是衍射點彌散的厲害，推測應該是失去溶劑后的晶格堆積扭曲，亦或是晶體本身就是這德性。衍射圖案只是反映了當前的晶體的狀況，但無從考究根本原因。一個廚師的原則是，有什么食材就只能做什么菜。然而這個看似簡單的晶體著實把我拖住了。除了衍射點形狀較差，其它都看起來非常正常。晶體表觀上Rhombohedral R的晶系。數據還原，校正，空間群分析都沒有什么太大的毛病。然而結構解析始終得不到有效的相位。
▲圖1 沒有什么反常的過程的良品
這反而激起了我的好奇心。為什么呢？看起來很正常，但我就是覺得哪里有點不對。這個晶體真的是Rhombohedral R 的么？亦或是單斜C的贗缺面孿晶？然而即便降低了晶系，也沒有得到什么有用的結構信息。能試的都試了，依然無解。
既然用D8 VENTURE 測試的速度足夠快，那就多做兩個看看有什么不同吧。畢竟分析數據的時候，機器可以做自己的事情。然而一連做了7個晶體也沒有發現什么不同。但我相信衍射好的晶體，結構解析不出，總歸會有原因，只是還沒找到。
次品
好晶體挑得差不多了。這時一顆偏光鏡下看起來孿的晶體成為了一個死馬當活馬醫的選項。擺爛了？就當是吧。
然而所有的疑惑都在這顆孿晶上得到了解決。意想不到的結果出現了。
清晰的孿晶衍射點，然后Determine Unit Cell 告訴我們這是單斜C的孿晶。
▲圖2 次品的對稱破缺后的答案
不出意料這是個三重孿晶，晶體之間旋轉120°。也就是說，這顆晶體和之前的晶體并沒有什么特別的不同，只不過由于角度亦或是其它晶體處理的原因，三顆晶體并沒有貼合在一起，它們之間的角度偏離了一些，使得衍射點得以分開，更重要的是比例也不是1:1:1 （為什么我想起了某廣告詞…）。
問題找到了，結構解析也就順利地得以完成。
返回去秋后算賬
此時，時間已經過去兩個多小時，實驗室里只有收數據的D8 VENTURE還在收集著這個孿晶。但我果斷地停掉了，讓勞累了一晚上的伙計休息下吧。為什么呢？
雖然這個數據能夠解析結構，但數據處理著實不怎么理想，重疊的比例較高，分辨率也不怎么理想。之前測過的7個晶體是不是就沒用了呢？自然不是。挑出里面好的一個數據（主要是分辨率，可不是什么Rint…），按照正確的晶系進行處理，結果用孿晶的方式精修，得到的結果自然也提升了很多。而孿晶的比例也是符合推測，接近于1:1:1。
所有的結果和理論上的分析吻合，終于閉環了。安心過周日了。
從"次品“到"關鍵“
讀讀文獻，其實我們會知道晶體，甚至是輻射損傷都可以幫助我們進行結構解析。傳統觀念中，晶體具有規則的外形、均勻的內部結構和良好的結晶度。這些特征能夠產生清晰、銳利的衍射圖譜，從而為結構解析提供有力的依據。但實際情況并非總是如此簡單。較差的晶體，往往存在著大量的缺陷、位錯和雜質。這些看似不利的因素，卻為結構解析帶來了一些優勢。比如某些缺陷可能導致晶體局部的對稱性降低，從而使得原本隱藏在高對稱性下的結構特征得以顯現。
我們總習慣用標準要求很多東西，不符合標準，好聽的叫次品，不好聽的稱為垃圾。然而標準是誰定的？其實也許那些曾經被視為“次品"的晶體，才是解決問題的關鍵。
慢下來和快并不矛盾。慢下來是為了摸索，快是為了節約摸索過程中的無謂地等待時間。
后記：寫完了才發現，幾年前寫過類似的東西，只不過那次的運氣好，很快發現了問題。這次概率上確實不怎么幸運。
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