D8 VENTURE SC-XRD疾病篇：與疾病相關(guān)的晶體

更新時(shí)間：2020-07-31

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前幾日讀到一份特殊的報(bào)導(dǎo)：比利時(shí)根特大學(xué)、Flanders生物技術(shù)研究所（VIB）和Argenx生物技術(shù)公司的科學(xué)家們合作，發(fā)現(xiàn)哮喘和鼻炎病人粘液中的天然CLC晶體是引起過(guò)度炎癥的根源, 解開(kāi)了與哮喘、過(guò)敏性鼻炎等呼吸道炎癥有關(guān)的一個(gè)世紀(jì)謎團(tuán)，并以此為基礎(chǔ)，開(kāi)發(fā)出一種有效逆轉(zhuǎn)疾病的潛在創(chuàng)新療法，發(fā)表在新一期的《Science》上。（來(lái)源：學(xué)術(shù)經(jīng)緯）

▲圖1：從慢性鼻-鼻竇炎伴鼻息肉的患者中取得黏液團(tuán)塊，獲取CLC進(jìn)行晶體結(jié)構(gòu)分析（圖片來(lái)源： Emma Persson et al., (2019) Proteincrystallization promotes type 2 immunity and is reversible by antibodytreatment. Science）

不過(guò)讓我吃驚的是，黏液中的CLC晶體早在1853年就已經(jīng)被發(fā)現(xiàn)，而且居然是一種天然的蛋白晶體（半乳糖凝集素-10，Gal10）。不僅如此，科學(xué)家們還用它直接做了衍射，并且解析了2.1 Å高分辨率的結(jié)構(gòu)。瞬間覺(jué)得Science就在身邊。作為一個(gè)研究蛋白晶體出身的科學(xué)民工，從來(lái)沒(méi)想到過(guò)人體里居然會(huì)有天然的蛋白晶體這么好的研究對(duì)象…

于是我開(kāi)始在鼻腔粘液中搜索CLC晶體 (不適者請(qǐng)略過(guò))，然而一無(wú)所獲，十分失望…

除了這種罕見(jiàn)的天然蛋白晶體CLC，身體里還是存在很多其它晶體與疾病相關(guān)的。比如：痛風(fēng)患者關(guān)節(jié)中的尿酸晶體，腎結(jié)石，膽結(jié)石，動(dòng)脈粥樣硬化中的膽固醇晶體等。尤其是腎結(jié)石，現(xiàn)在患病的年輕人越來(lái)越多，而我也不幸的是其中的一個(gè)。不疼的時(shí)候就是萬(wàn)物和諧歲月靜好，疼起來(lái)就是讓人崩潰。

腎結(jié)石也有很多種類(lèi)型，根據(jù)成分的不同，可分為草酸鈣結(jié)石，磷酸鈣結(jié)石，尿酸結(jié)石，磷酸銨鎂結(jié)石，胱氨酸結(jié)石以及嘌呤結(jié)石等。不同的結(jié)石有不同的病因，相應(yīng)預(yù)防和治療的方法也有所不同。在經(jīng)歷了上次手術(shù)之后，醫(yī)生幫我取了些樣品做成分分析，然后就沒(méi)有然后了……于是只好自己開(kāi)啟生活科學(xué)模式，嘗試用D8 VENTRUE快速鑒定腎結(jié)石的成分，以期能夠?qū)ΠY治療，避免復(fù)發(fā)。

樣品：

一小塊腎結(jié)石

實(shí)驗(yàn)儀器：

D8 VENTURE Iμs 3.0 Cu/Mo 靶PHOTON II 探測(cè)器

方法：

1、粉末XRD物相分析鑒定：

顯微鏡下的結(jié)石，是一塊粗糙的淡黃色，塊狀物體。可以肯定的是這肯定不是一顆單晶。于是借助手術(shù)刀，暴力粉碎得到一塊大約0.3 mm的小塊，使用Cu靶，按照單晶衍射儀測(cè)定粉末XRD的Gandolfi-like方法來(lái)進(jìn)行數(shù)據(jù)采集。使用Phi 360 scan獲得三張不同2theta角的衍射圖，并在APEX3 的 Integrate Debye Rings中進(jìn)行合并，積分獲得粉末衍射的一維特征圖譜，輸出.raw文件。

▲圖2 D8 VENTURE 單晶衍射儀粉末XRD測(cè)試流程

大約4分鐘的時(shí)間，D8 VENTURE成功地采集到了清晰的二維粉末衍射圖譜。將導(dǎo)出的.raw文件借助DIFFRACT.EVA軟件進(jìn)行物相分析，可得出該結(jié)石不是單一種晶體的純相，而是單水草酸鈣和雙水草酸鈣晶體的混合，且大部分為單水草酸鈣。

▲圖 3 APEX3 Debye rings 積分和Diffract.Eva物相分析。（特別鳴謝我們帥帥的王通博士）

2、單晶晶胞參數(shù)和結(jié)構(gòu)測(cè)試

對(duì)于一個(gè)結(jié)構(gòu)控來(lái)說(shuō)，僅僅是XRD物相分析是不夠的。如果在顯微鏡下把放大倍數(shù)放大，可看到在結(jié)石的邊緣有些類(lèi)似片狀的單晶存在。于是繼續(xù)壓碎，并在顯微鏡下仔細(xì)挑選三個(gè)較為規(guī)則的晶體，大小約為50um * 50 um * 5 um。挑選的晶體在Mo靶上進(jìn)行測(cè)試，曝光時(shí)間1s/1° ，3min獲得高分辨率，完整度接近100%的數(shù)據(jù)。

▲圖4：雙水草酸鈣的單晶結(jié)構(gòu)

三個(gè)晶體的晶胞參數(shù)均為a = b = 12.3534(6) ，c = 7.3450(4) 的四方晶體，空間群為I4/m。結(jié)構(gòu)分析表明，在雙水草酸鈣結(jié)構(gòu)框架孔隙的中央，存在額外游離，無(wú)序的水分子。因而該組分實(shí)際為CaC₂O₄（H₂O）2.375。然而幾經(jīng)嘗試都沒(méi)有挑到單水草酸鈣的單晶，推測(cè)單水草酸鈣的結(jié)晶顆粒較小，大多為多晶的形式存在。

不得不說(shuō)，丑陋的外表下，居然有這么漂亮的結(jié)構(gòu)，而且還有孔隙…

實(shí)驗(yàn)結(jié)論：

通過(guò)D8 VENTURE測(cè)試的粉末XRD，以及單晶衍射數(shù)據(jù)，可以快速鑒定出該結(jié)石的主要成分，以及晶型和晶體結(jié)構(gòu)。該結(jié)石實(shí)際為常見(jiàn)的單水草酸鈣和雙水草酸鈣的混合晶體，且雙水草酸鈣晶體有很大部分為（H2O）2.375。從而排除了代謝性疾病造成的其它類(lèi)型晶體的可能。需要多運(yùn)動(dòng)，多喝水，多喝白開(kāi)水。

共勉健康小貼士：

很多人認(rèn)為，腎結(jié)石是由于攝入含草酸的蔬菜過(guò)多，例如菠菜。實(shí)際上，草酸是人體的正常代謝物質(zhì)，部分氨基酸和維生素C等物質(zhì)在體內(nèi)代謝之后都可能轉(zhuǎn)變?yōu)椴菟帷Ｒ蚨匀膺^(guò)多，糖過(guò)多才是很多結(jié)石的主因。所以：

1、多喝水，少喝甜飲料

2、動(dòng)物蛋白質(zhì)不要過(guò)量，肉類(lèi)攝入量平均每天不超過(guò)一兩半為好。

3、多運(yùn)動(dòng)